Mastodonの管理に便利な、ちょっとしたツールが用意されています。一覧はこちら。
https://github.com/tootsuite/documentation/blob/master/Running-Mastodon/List-of-Rake-tasks.md

Mastodonユーザーで、Mastodonが配置されているディレクトリ（変更していなければ ~/live ）に移動し、

RAILS_ENV=production bundle exec rake タスク名

で実行します。

オプションを指定するものもあります。

たとえば、外部のインスタンスから取得したメディアファイルを削除するタスクは、何日前のものを削除するかを指定する NUM_DAYS というオプションがあり、指定しないと7日前となります。これを14日前にするには、

NUM_DAYS=14 RAILS_ENV=production bundle exec rake mastodon:media:remove_remote

と指定します。

注意点として、多くのタスクが、Mastodon本体と同様に、Workerを通じて非同期に実行されるようになっています。即座に結果が反映されないのでご注意ください。