自前でインスタンスを立てるのって、リスクを自分で管理できるようにすることが主眼だから、リスクの種類が異なれば、それぞれ別に設置した方がいい、というのはある。

猥褻物扱いされがちなコンテンツを不当な侵害から守るため、政治的な主張を不当な侵害から守るため、他人が管理するインスタンスでの不当な扱いから身を守るため、などなど。

現実にはマシンパワーの問題で、複数のサーバを借りなければならなかったりする。ただ、これはそのうち解消されるかもしれないね。

本当は、複数ドメインをマルチホストできるマストドン（そんなものはない）を一個だけ立てれば用が済むケースが多いんじゃないかな。
QT: https://tl.telmina.com/@Telmina/100738850162657310