@toneji ひょっとすると、箕面どんを立ち上げた時のスタートアップスクリプトはwebrootになっていて、この問題は発生しないかもしれません。

cat /etc/letsencrypt/renewal/minohdon.jp.conf

あたり（ファイル名は推測です）に、どういう方法で証明書を取得したか記録されています。

standaloneで、TLS-SNI-01を使ってない限りは大丈夫です。