MastodonはAGPLでライセンスされるソフトウェアですので、AGPLに従って利用する限りは、どんな使い方をしてもOKです。
それとは別に、連合により繋がる『Mastodonコミュニティ』と呼ぶべきレイヤーがあります。
サーバソフトウェアとしてのMastodonを変更せずに利用した場合、その一員として振る舞うようにデザインされています。
このMastodonコミュニティは、Eugenさんが考える、理想のマイクロブログ・SNSの連合体を体現するもので、Mastodonが生み出され、開発されている一番の目的となるもの。悲願です。
コミュニティはライセンスではないので、従う必要はありません。ソフトウェア上の表記やリンクを変更し、別のあり方を標榜してもOKです。
しかし、Mastodonコミュニティの理念と大きく反する内容であれば軋轢が生まれ、成果物の共有が難しくなることもあります。
当然、温度差はありますので、打ち出す違いは、ケンカしない範囲にとどた方がうまくいくでしょう。
こうしたコミュニティの分裂は度々起こることで、卑近な例ではUNIXの歴史が参考になりますね。