いずれの場合も、まずは本家をfetchしておきます。
git fetch
自分のリポジトリで運用している場合、本家はupstreamかもしれません。
git fetch upstream
--
v2.8.4の状態でgit rebase -i v2.8.2 とすることで、独自の改造と、v2.8.2以降v2.8.4までのcommitが抽出され、エディタが開きます。どう料理しますか? と聞いてきます。
Mastodonの公式のcommitの行は削除し、独自の改造部分だけ残します。
うまく適用されると、v2.8.2+改造になるので、git rebase v2.9.0 としてv2.9.0にrebaseして、完了です。
--
独自の改造が昔のもので、v2.8.2以降に適用していないのであれば、rebase -i ではなく、reset --hard v2.8.2 とすればv2.8.2に戻ります。
あとは、
git merge v2.9.0
とすればOKです。
--
改造が無い場合は、
git checkout v2.9.0
です。